第四次江陳會簽署漁船船員勞務合作、標準計量檢驗認證合作、農業檢驗檢疫合作等三項協議，並確認ＥＣＦＡ為第五次江陳會重點議題，顯示兩岸在明年中以前，將積極展開ＥＣＦＡ業務性磋商。然而由避免雙重課稅和稅務合作議題延後簽署之情況，卻彰顯兩岸當局必須正視未來ＥＣＦＡ磋商可能面對之障礙，並有「權宜應變」之心理準備。
基本上，第一次至第四次江陳會所簽署之協議，是兩岸在「九二共識」基礎上，擱置爭議，依循「先經濟、後政治，先易後難，循序漸進」的步驟和協商原則之運作模式的成果。這些協議都是馬總統競選期間之政見與主張之「優先協商議題」。對大陸而言，積極回應馬總統的主張，具有落實二○○六年三月二十日「胡四點」有關「貫徹寄希望於臺灣人民的方針絕不改變」，以及「只要是對臺灣同胞有利的事情，都會盡最大努力去做，並且一定努力做好。」等最高指導方針的意涵。
然而，展望未來ＥＣＦＡ協商，其複雜度與難度，則遠高於江陳會所達成十二項協議，因為ＥＣＦＡ除了早期收穫計畫清單之外，將研擬「整體協議架構文字」，涉及到兩岸所有的經貿部門，架構內容與自由化時間規畫，不但牽動兩岸相關產業利益消長，也讓雙方之「政治因素」成為重要考量。
特別是由兩岸從十月開始對避免雙重課稅和稅務合作議題展開多次業務性磋商，且參考經濟合作發展組織（ＯＥＣＤ）範本與國際慣例研擬租稅協議條文，仍然因為技術性問題而延簽，顯示政治考量對兩岸協商所形成之難題。
如今ＥＣＦＡ涉及更加廣泛的貨品、服務投資，經濟合作和爭端解決機制問題，將觸及更多主管部門間之利益互動與政治考量，如何在半年內達成協議，將是一大挑戰。
此外，台灣內部的朝野政治互動，更為一大挑戰。特別是第二次江陳會雖然通過「兩岸海運稅收互免協議」，但立法院未通過「海運稅收互免」之修法，導致該協議被迫暫緩實施之經驗，卻明白顯示，未來兩岸當局對於ＥＣＦＡ之協商，若無法消除台灣內部對「ＥＣＦＡ是否形成一中市場」、「增加農產品開放項目、嚴重衝擊台灣的弱勢產業與就業」、「是否衝擊台灣主權」以及「洽簽ＥＣＦＡ，是否同時推動與東協國家、日、美等簽署自由貿易協定」等爭議，可能在國會遭到擱置、要求推翻協議內容或文字，則勢必造成重啟談判問題；或者是即使立法院通過協議，但面對反對黨和民眾的極力抗爭，仍將影響其執行，甚至於影響未來的兩岸關係等問題。
其中，由租稅協議採國對國談判模式，而衍生涉及主權爭議及課稅權分配的爭議之現實，可以預見未來台灣內部對於「在『一個中國』架構下簽署ＥＣＦＡ，將喪失在ＷＴＯ裡原有的經濟主權地位」之爭議，將日益激烈。
對此，ＥＣＦＡ未來會不會出現「一個中國」、「一國兩制」或是「國家主體同其單獨關稅區之間的經貿關係安排」等文字？或是將ＥＣＦＡ定位為「由兩岸作為ＷＴＯ成員，依據ＷＴＯ規則所簽署的ＦＴＡ」，都是兩岸當局必須妥善處理的問題。
最後必須提醒的是，雖然兩岸希望在明年第五次會談中完成簽署，但面對上述障礙，兩岸當局仍必須有屆時可能發生因技術問題或政治考量，使雙方對「整體協議架構文字」無法建立共識之心理準備，並有相應的「應變方案」。其中為因應二○一○年東協與中國自由貿易協定生效對台灣之衝擊，雙方應可於第五次會談中先行通過「零關稅協議（早期收穫）」和「服務業貿易早期收穫計畫」，針對兩岸關切之「主要」、「核心」之商品與服務業提供提前之市場進入機會，而同時持續地針對「整體協議架構文字」進行協商，才能「行穩致遠」，穩健地推動ＥＣＦＡ，使「雙方的利益最大化」。（作者曾任國安會諮詢委員，現為師大國際事務與全球戰略研究所兼任副教授）