有關自由時報8月11日頭版頭條「中科三、四期 停工不停產」一文，第三段文字中指稱「95年中科三期健康風險評估報告未通過前，行政院即著手徵地」，及第五段文字中「本案審查結論撤銷後環保署未依法採取必要作為」，並非實情，環保署逐項澄清如下：
一、中科三期徵地事宜與健康風險評估報告之審查並無相關 中科三期案經環保署於95年7月31日公告審查結論在案，所公告之11點審查結論。原審查結論第5點要求開發單位應於營運前提出風險評估報告，開發單位已於營運前的97年11月24日提出健康風險評估報告，符合原審查結論之要求，而開發單位於營運前徵收土地是正常的動作。自由時報的敘述「報告未通過前，行政院即著手徵地」有暗示讀者開發單位行事違反結論要求的效果，並不恰當。
二、環保署一直積極依法作為 文中指稱最高行政法院於今年1月維持撤銷中科三期環評原判，環保署卻未依法採取必要作為乙節，更與事實不符。99年1月21日最高行政法院判決確定撤銷環評審查結論後，環保署即依據法院判決，要求中科管理局提出環境影響說明書包含健康風險評估等相關書件送環保署繼續審查。99年3月12日中科管理局提出相關書件，經環保署於4月12日、4月29日召開專案小組初審會，均因列席之環保團體杯葛而無法審查，5月27日環保署強力排除杯葛後，會議作成結論，就健康風險評估議題召開專家會議。嗣後環保署即依程序於7月5日召開專家會議，結論為補正資料後再審。
至於外界質疑環保署未要求中科管理局撤銷中科三期開發許可乙事，是因為外界對相關法律做了不正確的解讀，事實上，是否撤銷開發許可應由國科會依據行政程序法加以處理，環境影響評估法未有授權環保署，對本案成為違法許可後的狀態加以處理。本署在日前召開的記者會中，已提供資料詳細說明。自由時報的敘述「本案審查結論撤銷後環保署未依法採取必要作為」，並非實情。
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Re: 環保署990811新聞-
一、「而開發單位於營運前徵收土地是正常的動作」
健康風險評估是環評的「重要部分」「不可分割部分」，當年摒除健康風險評估通過中科三期環評本來就是違法，如今法院要求做健康風險評估，萬一沒過，「必須視同」環評沒過。
既然環評有可能沒通過，那麼事先徵收之土地怎麼辦？難不成收歸政府所有？政府自己來養地來哄抬價格？既然環評未過連帶的開發案之「公共利益」不存在，徵地之正義性與法理性當然不復存在。
二、「99年3月12日中科管理局提出相關書件……嗣後環保署即依程序於7月5日召開專家會議，結論為補正資料後再審。」
專家會議要求補件，也就是文件並不充足不能說服專家們，這樣可以視為法院今年一月宣告環評違法而國科會繼續動工之合法理由嗎？
環保署要求國科會補件，但在健康風險評估為過之前，環保署卻絲毫沒有動作要要求國科會停工，然而，若無當年環保署擅自通過中科三期環評，國科會不可能動工。光就這點，監察院就足以彈劾環保署！
三、「是否撤銷開發許可應由國科會依據行政程序法加以處理」
當年允許國科會動工，若無環保署擅自通過環評，若無區委會同意徵收，動工沒有法源，但法院判決顯示當年法源是有問題的，問題不是出在其他部門，而是環評，既然法院是針對環保署的環評做違法判決，長期以來聲稱自己沒有違法並聲稱無權讓國科會停工的環保署，除了足以讓監察院彈劾外，沈世宏本身可能還要吃上瀆職等官司。
奉勸環保署不要像公雞一樣，每日專門針對大大小小的異議聲音不停不停地曲解法令、繞著文字，拚了命地反駁。舌頭太長可能打結，粉擦太多一定結塊，天天找異議者吵架這樣的心態與作為讓人對台灣民主的明天不抱希望。
Re: 環保署990811新聞-
「而開發單位於營運前徵收土地是正常的動作」這句話可能違法。既然環保署口口聲聲宣稱那些受「信賴保護」的廠商本著「公共利益」，在環評未過之前這層「公共利益」不存在，那麼「開發單位」徵收土地，相當於替私人廠商掩蓋以政府權威，以政府行政命令替私人廠商強制徵地－－這句話可以讓當年負責替廠商徵收土地的「開發單位」吃上瀆職官司………
可笑的是，這層違法含意，是在環保署自己的反駁新聞稿裡………