環保署連續第三年針對25個縣市、50條重點河川流域，就河川水質改善程度、污染源稽查管制情形、河川巡守運作成效等七大項目，依縣市人口數分組評比，績優的地方政府將獲得經費補助，作為地方政府持續推動水污染整治之用。
其中2006年度評比台灣汙染最嚴重河川，南部地區的二仁溪、鹽水溪竟然由2005年的第二、三名，「進步」到第一、第二名，二仁溪約有30公里嚴重污染（整個流域的31%），比2005年的評比25公里又多了5公里；而鹽水溪的18公里（整個流域的19%），比2005年的16公里，又延伸3公里多，值得慶幸的是去年名列汙染榜首的北港溪，是今年的「最佳進步獎」，嚴重污染長度，從39公里縮短到到27公里。
然而數據上的增或減，卻比不上民眾感覺來得真切，大台南地區是「河川巡守員」的發源地，義工們得知日夜看顧的溪流，竟然榮登嚴重污染河川榜首，無不感到震驚、難過，也指出二仁溪、鹽水溪的污染，主要是因為其上游有多個工業區，且大都是生產電路板的電子業和酸洗業，酸洗溶劑直接排入水中，再加上養豬廢水、家庭廢水，污染程度當然可觀；而偷排廢水，不是有暗管就是趁夜傾倒，舉報上非常困難。
上一屆冠軍的北港溪，則以養豬廢水為最多，然而現實的困境是，稽查大隊取締養豬廢水，還沒從案發現場回到辦公室時，局內卻早已接到民代關切的電話，更不用說某些立委因為選票的考量，而反對訂定養豬廢水排放標準。
把地點拉到所謂科技重鎮的新竹、桃園，全國聞名的電子大廠，在霄裡溪上游、客雅溪24小時排出無色但嗆鼻的廢水，當地居民雖以24小時的電話報案檢舉，但屢屢得到的答覆是，排放水在標準值以內，更誇張的是，還有居民指出，家前的小溪根本水量很少，在某家大廠來之後，卻變成流水淙淙！？
北台灣的淡水河系，其支流基隆河，在南湖大橋以下河段的污染程度持續進步中，根據河川巡守員實地探訪經驗，咸信與汐止、南港一代的汽車零件等相關產業沒落、外移有相當大的關係。
綜合以上，可以發現，環境（河川）保護，其背後牽涉到最大的因素，即是我們要什麼樣的產業發展，享受社會高度光環的所謂科技產業，在鴻海年終分紅200 萬的媒體報導氛圍中，不識相的環保團體若敢檢視因企業規避而由全民買單的「環境成本」，好像變成遏止經濟成長、台灣進步的兇手；而推動訂定養豬廢水排放標準似乎又被說成傷害畜牧業者的權利，而大眾因為利益並沒有「明確、立即」地被傷害，只是徒呼負負當年河川美景多好，魚蝦貝類有幾多。因此在全國破碎的河川地圖裡，我們看到的是河川巡守員的無奈，以及我們真正面對的挑戰，犧牲眾人、眾生靈生存的環境，而換得少數人的高所得，這是我們要的嗎？