司馬庫斯原住民依部落文化撿取風倒木，法院反而以「竊盜」論罪。林務局一直到現在還是以《森林法》第15條「原住民族傳統領域土地」未定義清楚推卸責任，而原民會則以消極的個案解決來處理這個案例。靜宜大學生態系助理教授林益仁表示，《原住民族基本法》已經通過，這兩個機關不該再用消極的心態處理原住民族事務。
新竹林管處秘書楊駿憲指出，司馬庫斯事件是警察發現三位司馬庫斯族人在搬移風倒木，後來再告知林務局，由於因為原民會未將《森林法》第15條第4項中的「原住民族傳統領域土地」定義清楚，因此林務局只能以《森林法》第52條「竊取森林主、副產物」進行告訴，而「竊盜」罪乃非告訴乃論，偵查機關一定得提出告訴。「竊盜」罪乃非告訴乃論，偵查機關一定得提出告訴。
但林益仁表示，在母法已經明文規定原住民有傳統領域的情況下，行政機關及司法機關本來就可以就個案建立判例，林務局卻直接以對原住民不利的法案提告，相當過份。
原民會法規委員會曾興中也指出，《森林法》第15條第4項還有但書，林務局在事情發生之後，應該與原民會進行協商，了解個案去了解是否符合「原住民族傳統領域土地」以及「生活慣俗需要」，而非直接忽視《森林法》第15條第4項存在，反而援引《森林法》第52條。
林益仁表示，在事件發生後，林務局的確對原民會的協商要求置之不理，這不僅常常出現在這個個案上，原民會在制訂許多政策，要求與各部會協商時，都面臨相同的處境，原民會的弱勢處境可以理解，但還是要硬起來，針對運作良好的部落，積極逕行認定「傳統領域」，形成通案性的制度，這樣才會對原住民部落的發展產生「良性循環」。
此外，對於判決結果，楊駿憲表示，法官在判決時，已經從輕處分，給予「緩刑兩年」的判決。
但曾興中表示，「緩刑兩年」仍是宣判有罪，並且兩年再犯，將兩罪併罰，明明法律上已經賦予原住民「得依其生活慣俗需要，採取森林產物」的權利。林益仁也說，認定「有罪」、「緩刑」，就是要求原住民不得再按照習俗撿取風倒木，這不是戕害原住民文化是什麼？