面對美牛壓力，中華民國政府的處置，就是在兼顧國民健康下，以科學方式解決美牛與瘦肉精問題。

　　有人懷疑，美國給予免簽證待遇，臺灣是否會以瘦肉精解禁作為回報？事實上，美牛問題不會影響免簽證待遇，主要是美國將臺灣列為免簽候選國，係基於中華民國護照發放安全性、國民申請美簽退件率等所做的決定，不會節外生枝。

　　不過，美牛問題卻必然會影響美臺貿易暨投資架構協議(ＴＩＦＡ)談判的重啟，因為此事涉及美國行政、立法兩部門之間的互動。

　　美國在臺協會理事主席薄瑞光日前訪臺時表示，如果臺灣無法透過科學認證的方式處理美牛問題，將會影響到ＴＩＦＡ談判的重啟。的確，美國農業州的參議員一向支持中華民國，但對臺灣在美牛問題的立場卻不諒解。若是美牛問題無法妥善解決，美國農業州參議員的制肘，加上國務院與農業部的反對，不但ＴＩＦＡ 的復談遙遙無期，而且政府三年多來好不容易恢復的臺美互信恐將下滑。

　　美牛與瘦肉精問題不僅牽涉到科學認證與標準認定的問題，也和臺灣政治人物、媒體及民眾的反應有關。自從美牛問題在2009年秋季爆發以來，美國就擔心臺灣不從科學角度來探討美牛具有狂牛症的危險，而屈從於民粹主義的壓力。事實上，狂牛症是含有肉骨與內臟成份的牛飼料所造成，但美國改變牛飼料後就不再是問題，否則日本與南韓也不敢進口美牛。

　　至於瘦肉精禁令，美方雖不排除民粹主義作祟，但關鍵仍是在標準的認定。近年，美、加、澳等國均允許含瘦肉精肉品進口，並未發現對人體不利。2011年1月，衛生署邊境抽驗發現，進口美牛含瘦肉精，迄今已有上千公噸美國牛肉被退回。美國農業州的參眾議員，對此大表不滿，揚言要杯葛美臺之間的ＴＩＦＡ。

　　馬英九總統將食品安全與國民健康列為施政要務之一。2012年7月，國際食品法典委員會(CODEX)將舉行大會，訂定瘦肉精在人體合理殘留量的新規範，衛生署未來規範新標準時應列入參考。此外，政府也應對有害人體的其他瘦肉精肉品加強管制，並要求美國肉類進口廠商在商品上標明產地來源，以及美國食物與藥品管理局(FDA)核准使用的培林乙種瘦肉精的註記，讓民眾知所選擇。

　　馬總統說將以十年為期，致力於改善臺灣的產業與貿易結構，加入「泛太平洋夥伴關係」（ＴＰＰ）。薄瑞光則說臺灣何需等待十年，儘早加入ＴＰＰ豈不更好？聽來雖像是對臺灣誘之以利，但美國若能從旁協助，自是符合我方國家利益，因為中華民國愈早加入ＴＰＰ，就能愈早融入亞太地區的經濟整合過程中。