依據都市計畫法第20條規定：「主要計畫在區域計畫地區範圍者，內政部在訂定或核定前，應先徵詢各該區域計畫機構之意見。」，而依內政部配合於102年12月12日函頒修正「非都市土地申請新訂或擴大都市計畫作業要點」第3點規定：「非都市土地申請辦理新訂或擴大都市計畫之地區，都市計畫擬定機關應就是否位於環境敏感地區先行查詢，並將查詢結果併同申請書向本部徵詢意見後，依都市計畫法定程序辦理。」意即對新訂或擴大都市計畫申請案件均係提供意見（並非審查同意），是以，內政部區域計畫委員會、相關機關、人民或團體所提意見，均將由該部作業單位綜整為徵詢意見，以供都市計畫之擬定或核定機關參考。
南投縣政府考量清境農場為臺灣三大高山農場之一，且係屬其中開發最為密集地區，加上近年來廬山災害、霧社水庫淤積，自然危機逐漸逼近，其土地管制有其必要性及急迫性，依據都市計畫法規定提出「新訂清境風景特定區計畫」，期透過都市計畫管制方式，以落實國土保育政策、管制人為不當開發、強化中部山域特色、提振公共服務水準。
據營建署表示，南投縣政府於102年3月11日、4月30日及7月8日分別函送「新訂清境風景特定區計畫」申請書，向內政部提出新訂都市計畫之申請；內政部於檢視相關內容後，分別於102年3月28日、5月30日、9月13日及10月8日分別函請該府修正，並辦理內政部區域計畫委員會行政程序審查會議、現勘及專案小組審查會議。該府並於103年3月13日及4月11日函送補正資料到內政部，內政部於102年4月23日召開區域計畫委員會專案小組會議辦理意見徵詢。
營建署並表示，本案目前係屬可行性規劃徵詢意見階段，內政部區域計畫委員會102年4月23日專案小組會議將針對申請內容提出意見，請南投縣政府補正外，後續會將俟南投縣政府辦理政策環評、取得農業主管機關同意變更文件、用水計畫核定等相關程序完成後，提該部區域計畫委員會討論，製作本案該委員會之徵詢意見後，函送都市計畫擬定及核定機關，納入規劃及核定參考。各界對於該案實質計畫內容、都市計畫圖、土地開發方式及時程等，後續得依都市計畫法規定向該管都市計畫主管機關提出，以供納入規劃及審議核定參考。
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