立法院即將在臨時會審查自由經濟示範區，自經區共有73條條例，分別針對人流、物流、金流、土地取得及各種租稅減免等措施，大開方便之門，這些條例若未經任何充分討論而強行通過將造成國內深遠的負面影響，尤其是「農業加值」的設計。和台灣農業發展習習相關的五個條例(即第33,38,41,42及47條條例)，這五條條例通過後將造成整體農業的產值不增反減，若這些條例不刪除或修正，不只對台灣農業部門包括農民的收益和農業的永續經營造成無以彌補的傷害，而同時對消費者的食品安全和MIT的品牌受影響。
農委會主委一直強調自經區沒有開放中國830項管制的農產品進入，且不斷說明自經區生產的食品全部外銷，這是在玩文字遊戲和公然說謊。自經區第42條條例的第一項說明台灣將開放中國管制之830農產品進入自經區做加工使用，條例第二項說明，若生產出來的食品加工品是屬於對中國管制的2100多項農工產品，須全部外銷，若是非管制性產品，則可內外銷。
以花生為例，原本對中國的花生是管制進口(即為830項農產品)，現在42條條例的第一項允許進入自經區做食品加工之用，如生產出花生油或花生醬。花生油是屬管制農工產品，故須外銷，而花生醬屬非管制性食品，可內外銷，這在第42條的第二項說明。
由於在自經區經實質轉型後(即有35%附加價值)之產品可掛MIT行銷國內外，加上國外(尤其是中國的農產品)農產品原料價格遠低於國內，如中國茶葉出口價格每公斤90元，台灣產地價格是450元，中國紅豆出價格是公斤28元，台灣是56元；加上自經區的各種租稅優惠(38條的進口貨物零關稅、33條的營利事業所得稅減免)。
故只要自經區條例通過，食品加工業者將使用國外的農產品做為原料，此將導致國內的農產品需求減少而影響到農民的收入。而原先以中國為產地標示的各種食品將和國內農產品為原料的食品競爭，亦即會有真假MIT大戰，加上中國農產品品質問題，此將導致食品安全的疑慮。
全國經濟學和農經學界，尤其是台大、中興和屏科大等農業學術機關之農經系系主任，結合農民代表、消費者團體和公民團體，極力反對現行自經區中的「農業加值」方案。為台灣經濟和農業的發展，一個好的政策不應只是偏好某一部門而傷害到另一部門，為了創造農工雙贏，建議自經區中的食品廠商在已有租稅的優惠等措施下，其所使用的原料是以台灣為主，若不足再從國外進口。如此才符合經濟發展過程中的社會正義。
農委會陳保基無視聯合國宣稱2014年為國際家庭農業年，在台灣糧食自給率僅及三成，遠低於英國七成、德國將近九成、日本四成二、韓國四成五的現實，顯見主張工業生產、自由貿易的國家都會守護農業、捍衛食品安全。硬是在自經區加入「農業加值」名目，毫無疑問是資本財團壟斷滅農、斷送台灣消費者健康選擇而非加值。
因此各地農民與經濟系主任，農經系主任與消費者團體共同發聲，呼籲：
1. 自經區條例荒謬滅農，應將「農業加值」相關條例刪除！ 2. 陳保基在加入WTO時要求農民離農離牧，在當前開放管制農產品，完全背離自由經濟與社會正義並重思維，顯然是為特定資本財團服務而非為農民服務，籲請離開農委會主委一職！