農委會2013年提出「水土保持法」修法，修法內容主要針對水庫集水區預定廢除約172萬公頃(佔水庫集水區之83%)的「特定水土保持區」，如此一來將使廣大水源區面臨更大開發壓力，環保團體反對修法，要求行政院撤回立法院提案，反對修法理由如下:
一、面對氣候變遷、莫拉克風災的暴風暴雨威脅，加上政府長期漠視山林保護，台灣水源區早已面臨大崩壞威脅，由連年立法院編列鉅額治水預算即可看出端倪， 9年來政府所編列治水預算已超過2000億，包括2006年編列8年1160億「易淹水地區水患治理計畫」特別預算，2010年通過莫拉克治水特別預算約500億，去年立法院又通過「水患治理特別條例」及預算660億。政府連年編列巨額治水預算，可見農委會水土保持執行不力。
二、反對水保法修法(修16條)，如此一來水庫集水區僅33萬2500公頃為特別需要保護之「特定水土保持區」，要求農委會水保局具體說明為何172萬公頃的水庫集水區不須特別保護，允許開發?
三、抗議農委會水保局長期怠惰，至今只公告約1萬8千公頃之「特定水土保持區」，而不公告近200萬公頃水庫集水區為「特定水土保持區」，使得廣大水庫集水區崩壞嚴重。假如水保局認定33萬2500公頃乃特別需要保護之「特定水土保持區」，要求農委會立即公告，根本不須修法即可公告。
四、反對水保法修法(刪除19條)，反對刪除水庫集水區禁止任何開發，如此一來，將放寬水庫集水區開發限制，只要符合水保法12條第1款(註一)規定即可，如此一來等同放寬水庫集水區開發，包括允許蓋旅館、飯店與民宿等，故反對水保法修法。
五、反對水保法修法(修17條)，反對授權地方政府可廢除「特定水土保持區」，如此一來，將使水庫集水區面臨更多開發破壞、淤積及水質汙染威脅。
台灣水資源匱乏，且多個水庫淤積嚴重，很遺憾政府不思水土保持卻反其道而行，修水保法鼓勵山林開發，環團要求農委會撤案，要求全面公告「特定水土保持區」。
註一: 水保法12條第1款規定:「 水土保持義務人於山坡地或森林區內從事下列行為，應先擬具水土保持計畫，送請主管機關核定，如屬依法應進行環境影響評估者，並應檢附環境影響評估審查結果一併送核：
一、從事農、林、漁、牧地之開發利用所需之修築農路或整坡作業。
二、探礦、採礦、鑿井、採取土石或設置有關附屬設施。
三、修建鐵路、公路、其他道路或溝渠等。
四、開發建築用地、設置公園、墳墓、遊憩用地、運動場地或軍事訓練場、堆積土石、處理廢棄物或其他開挖整地。」