反對同性婚姻和同志教育的公投案獲得多數民眾的同意票，此結果令許多非異性戀性傾向（包括同性戀和雙性戀）和跨性別者感到失望，尤其在公投前社交媒體如LINE和臉書即已充斥對於非異性戀和跨性別者之汙衊、抹黑，社會瀰漫不友善氣氛，導致公投後已發生數起非異性戀者自殺和自傷的不幸事件。
雖然教育部在公投一周內即發文各大專院校和各縣市政府，必須尊重和考量教職員工和學生的性別、性別認同和性傾向、性別氣質，並建立安全之校園環境，但依據過往經驗，各縣市教育主管單位和各級學校對於推動性別平等教育、對於性傾向/性別少數族群進行心理關懷，常鞭長莫及，難以貫徹；加上多個縣市選舉結果變天，執政團隊動盪，在此時，非異性戀和跨性別族群之心理適應，和持續推動完整的性別平等教育，需要所有社會大眾的關注。
有鑑於此，多元教育家長協會籌備小組、婦女新知基金會、台灣性別平等教育協會、學術工作者支持婚姻平權與性平教育連線、性別友善精神科醫師聯盟等全國性民間組織，共同提出四點呼籲：
第一，家長、老師、同儕應注意非異性戀和跨性別族群有無出現情緒困擾和自殺意念，適時情緒支持，協助尋求心理諮商和醫療協助。
性別友善精神科醫師聯盟顏正芳醫師指出，社會對於非異性戀和跨性別族群的偏見，是導致精神健康困擾的主因，尤其本次公投歷程對於同志族群直接的言論傷害、公投結果視同志為次等族群，皆會對於非異性戀和跨性別族群的心理適應造成困擾。如果健康困擾嚴重，或因感受社會排斥而不敢主動求助，都可能提高自傷自殺風險，亟需周遭他人主動關心。
第二，各縣市教育主管機關和各級學校，應主動提供非異性戀和跨性別學生充分、且具性別意識的協助，防範因心理創傷導致自我傷害；並密切注意校園中因公投所激化對於非異性戀和跨性別族群的偏見和歧視，防範騷擾和霸凌。
家長都期待自己的孩子在學校不單單是受教育而已，還要能發展心理健康與良善的同儕關係。而校園中師生、同儕互動密切，正是非異性戀和跨性別學生最容易受到霸凌的場所，所以各縣市教育主管機關和學校，不應消極等待霸凌傷害發生再去處理，而必須主動在班級中進行宣導，避免因為本次公投結果讓學生誤以為不須尊重少數族群，致使校園瀰漫歧視語言與行為，因而發生霸凌事件。無論學生是霸凌施暴者或受害者，都會產生長遠的不良影響，絕非家長所樂見。
第三，教育部應通告並監督各縣市教育主管機關和各級學校，依法持續推動完整的性別平等教育。
教育部已發表正式聲明，不受公投影響，將依據性別平等教育法，持續推動完整性別平等教育，學術工作者支持婚姻平權與性平教育連線顏聖紘副教授對此表示肯定，但同時指出：近年來縣市首長和議會受到反同家長壓力，教育主管機關在推動完整性別平等教育時受到嚴重牽制，顏教授認為，教育部應負起國家最高教育主管機關的責任，通告並監督各縣市是否依法推動完整的性別平等教育。
第四，教育部、各縣市教育主管機關、各級學校行政體系，應支持教育現場中所有教師依據法令與教育專業所設計之教材和授課內容。
近年來在教育現場第一線教師在教授性別平等教育時，屢屢受到來自反同勢力的打壓，甚至遭到濫訴，導致教育工作者備感壓力。性別平等教育學會莊淑靜理事長指出，這不僅會令教師感到心灰意冷，最直接受害的是無法獲得充分教育的學生，所以各級教育主管機關和學校行政體系，皆應支持教師施教理念，維護學生的受教權。