民眾到監察院陳情，檢察官侯寬仁違法濫權，法務部官官相護遲不懲處。
馬英九總統在99年國慶大會上以「改革、開創、追求公義」為題發表談話，表示司法當然必須獨立，但不能孤立於社會、更不能背離人民的合理期待。司法一定要能保護善良的人民，這是最起碼的正義。未來的司法改革必須是「全民的司法改革」，應該從民眾的角度，理解人民對司法的期待與人民歷經訴訟的痛苦。把「全民司改」變成主要任務。政府部門也將同心協力，檢討相關法制與流程，改進裁判品質，提升效率，建立友善的法庭環境，並儘速通過「法官法」，建立法官、檢察官評鑑機制，擇優汰劣，重建人民對司法的信任。政府一定除惡務盡，絕不與腐敗勢力妥協。
10月11日，監委葉耀鵬接受民眾陳情，針對91年監察院主動調查侯寬仁檢察官偵辦太極門案，違反偵查不公開等八項重大違法，函請法務部從嚴究責議處，太極門案已於96年三審無罪確定，且於今年四位被侯寬仁檢察官濫權羈押的太極門受害者都已獲得冤獄賠償，但至今侯寬仁檢察官仍未受到任何懲處，反而法務部多次發出公函表示，侯寬仁檢察官已超過公務員十年懲戒期限，且雖然有錯誤之處，但查無不法、亦無不當。
監察委員葉耀鵬接受民眾陳情，痛批法務部戕害憲政體系，所屬的檢察官體系藐視監院、藐視憲法。
監委葉耀鵬表示此事件最嚴重之處在於對憲政體系的戕害，行政院之下的法務部，法務部所屬的檢察官體系居然可推翻憲政體系所做的決定，實在太荒謬，藐視監院、藐視憲法！ 監察院行使監察權，調查報告出來後由政府各機關部門執行，然而最了解法律的法務部卻視監察院調查報告於無物，明明應該直接對違法濫權檢察官從嚴究責議處，但法務部人事懲戒委員會卻重新自行調查，在官官相護的體制下當然查無不法，此一嚴重錯誤，是否故意協助侯寬仁檢察官拖過公務員十年懲戒期限，目前將對簽發公文的歷任法務部長及主管等進行調查，監察院此次將決心查明到底究竟是誰縱放？誰在官官相護？【記者 馬曉嵐台北報導】