自911事件後，媒體對伊斯蘭教、伊斯蘭教原教旨主義、恐怖主義經常混為一談。實際上，絕大多數伊斯蘭教教徒就像猶太教、基督宗教教徒一樣，不過是樸素的信教者，關心的也只是其個人與上帝之間（而非人與人之間，或國家間）的關係。至於原教旨主義的概念，最早還是指19世紀美國東岸的某些反現代化的基督教團體。這些人反對資本主義、自由主義、商品文化的擴張，反對傳統社會結構的脫序，主張嚴格地按照聖經、教會的指示維持社會固有的穩定與和諧。就此意義而言，雖然原教旨主義守舊，但無論是基督宗教的原教旨主義或伊斯蘭教的原教旨主義，多可視為本地區的反潮流運動。
伊斯蘭教恐怖主義，嚴格說來也與猶太教、基督宗教恐怖主義大同小異，均是把宗教作為政治訴求的工具，主張通過暴力手段把自己的帶有宗教色彩的政治主張轉變為世界性或區域性的普遍真理。需要順便一提的是，帶有宗教性質的恐怖主義在歷史上從來都是非主流運動，其活躍期也非常短暫，同時都有特殊的社會因素（如經濟危機、軍事佔領、宗教戰爭等）。
在一般情況下，宗教勢力的擴張只要是脫離暴力手段，應當稱為「政治化的原教旨主義運動」，其特徵在於具有建立一個「政教合一」局面的意圖。但是，一旦這些政治化原教旨主義運動受到刺激或刻意的鼓動，便可能採取恐怖主義手段。最近的例子便是1980年代美國為打擊蘇聯的阿富汗領軍，為了給所有存在著「伊斯蘭獨立運動」的國家（如蘇聯、中國、印度）添加麻煩，而與英國、巴基斯坦、沙特一道，在阿富汗有計劃地培訓本拉登屬下的瓦哈比派「基地」恐怖分子。有鑒於此，單從策略角度考慮，要想有效對付帶有宗教色彩的恐怖主義，似宜儘量縮小打擊恐怖主義的範圍。如果肆意擴大事體，不只是有悖於國際法禁止濫用自衛權的規定，同時也會刺激政治化原教旨主義並使其轉化為暴力運動。
談及1970年代末以來政治化的伊斯蘭教原教旨主義運動的崛起，應當指出冷戰期間長期維持著「東歐集團傾向於支持第三世界民族主義道路；美國為首的西方國家則多支持保守勢力」的格局，因此在1970、80年代之交，當東歐共產主義逐漸勢微，西方資本迅速擴張，伊斯蘭世界與阿拉伯世界民族主義力量相繼為美國所瓦解，傳統宗教勢力感受強大壓力的情況下，許多第三世界國家便隨著華沙集團的退卻，而紛紛尋求自己的辦法。1979年伊朗原教旨主義的成功政變，埃及兄弟會的壯大，以及沙特阿拉伯封建領導階層為卸除民間的不滿而積極支持各地區政治化原教旨主義運動（即瓦哈比派）的舉止，說明了國際資本及商品文化的擴張遭遇各地傳統勢力強烈的抵抗。
及至冷戰結束，西方軍工體系、情報機構、軍事同盟為了替自己的繼續存在找尋合理依據，必須樹立假想敵人，以維持一定的張力；而伊斯蘭教世界、阿拉伯世界的殘餘民族主義勢力和原教旨主義運動便自然而然地成為「文化衝突」和「十字軍東征」的打擊對象。自此之後，「恐怖主義」與「伊斯蘭原教旨主義」便變成了同義詞。似乎，本拉登恐怖主義不曾與美國發生過任何關係，其最初的存在目的也不是充當美國的打手，而一向是「伊斯蘭原教旨主義顛覆西方世界的第五縱隊」。
鑒於上文所述的「一旦這些原教旨主義運動受到刺激或刻意的鼓動，便可能轉化為恐怖主義」，不難預料，今後只要美國繼續執意擴大打擊範圍，儘管可能短暫地鞏固西方利益集團的地位，但其代價卻定然是喚起一個恐怖的世界。