漁業署2009年12月28日表示,兩岸簽署「海峽兩岸漁船船員勞務合作協議」,不牽涉開放大陸勞工,也不會放寬讓大陸船員上岸賣魚及挖蚵仔,並強調該協議係將多年來我漁船主境外僱用大陸船員所衍生問題,將其制度化,政策上仍為「境外僱用,境外作業,過境暫置」基本原則,並無變相引進大陸勞工之疑慮。 漁業署說明,關於有學者質疑協議對於「勞務」未明確界定,未來大陸船員會在台灣沿岸各漁港市場賣魚、挖蚵仔乙事,因該協議對於合作範圍已清楚界定:「雙方同意在符合雙方各自僱用漁船船員規定下,進行近海、遠洋漁船船員勞務合作....」,目前行政、立法部門並無依據兩岸人民關係條例第95條之相關規定開放大陸勞工。我漁船主僱用大陸船員係依據「臺灣地區漁船船主境外僱用及接駁安置大陸地區漁船船員許可及管理辦法」辦理,該辦法係採「境外僱用、境外作業、過境暫置」原則,並限定作業區域主要在12浬境內之舢舨、漁筏、娛樂漁業、定置網或海上養殖業不得僱用大陸船員,且大陸船員進港後須集中暫置於岸置處所或暫置碼頭區,船員在暫置區域內只得從事原本漁船上境外作業所延伸的漁網整補等行為,兩岸簽訂協議後,這樣管理制度也不會改變,不會有大陸船員外出賣魚、挖蚵仔及非法打工情形。 該署進一步說明,對於有立委指出過去1年內,6個岸置處所已脫逃大陸船員402人乙事,過去兩岸未建立合作機制,致使大陸船員之身分無法查證,衍生脫逃情形,據海巡署查報自92年12月1日允許大陸船員上岸暫置起迄今,約6年期間內,大陸船員脫逃人數共計402人,已緝獲252人,有150人未緝獲。兩岸簽署協議後,對於大陸船員身分,大陸方面將會予以篩選保證,可提高船員素質,將可減少不法情事發生。 漁業署最後表示,至於兩岸簽署協議後,大陸船員將透過雙方所各自指定之大陸經營公司與台灣仲介機構引進,我仲介機構將由政府自行核准,無需經由大陸方面指定,對我漁船主權益較有保障;另大陸船員係屬境外僱用,其薪資不受就業服務法及勞動基準法基本工資保障;簽訂協議後,船員薪資係由勞資雙方自行議定,因漁業勞務具替代性,目前我漁船主除僱用大陸船員外,尚可依就業服務法引進僱用外籍船員,如果大陸船員薪資過高,勢必降低其競爭力,我漁船主可改僱其他國家船員,因此大陸船員薪資應不致超出現有薪資水準太多,終將回歸市場合理薪資