台北捷運新莊線新莊機廠工址原規劃於輔仁大學東側農業區內，惟臺北縣前縣長尤清及新莊市長蔡家福基於土地開發之商業利益考量，多次強烈建議新莊機廠移至新莊龜山間之樂生療養院附近，或新莊、林口間之山谷，請捷運局另覓地點。嗣因臺北市政府捷運工程局獲悉樂生療養院將於95年關閉，交通部乃於83年7月9日召集臺灣省政府衛生處及臺北市捷運局，就新莊機廠用地徵收、都市計劃變更及樂生療養院整建計畫進行協調。行政院於同年9月17日同意新莊線及蘆洲支線規劃報告書，新莊機廠確定改設於樂生療養院址，然因新莊機廠需占用大部分樂生療養院所在地，致遭青年樂生聯盟、文史團體、專家學者及社會各界強力抗爭反對，數度暴發衝突事件。
99年8月施工廠商開挖新莊機廠北側邊坡第四工作面第四階下半階邊坡期間，續住區多棟建物陸續發現地面、牆面出現裂縫，又引發青年樂生聯盟、文史團體、專家學者及社會各界抗爭，紛紛要求捷運局停工，行政院衛生署及樂生療養院對邊坡開挖是否進一步影響院區安全亦多有疑慮，基於維護院民生命安全，多次與臺北市政府捷運工程局協調，惟多因立場各異，並無具體結論。本案事關珍貴文化遺產與重大交通建設之折衝協調，影響深遠，本院教育及文化、財政及經濟、交通及採購委員會第4屆第14次聯席會議乃決議調查。
本院調查小組認為，臺北都會區大眾捷運系統新莊線新莊機廠選址不當是最根本關鍵錯誤，新莊機廠不但需占用大部分樂生療養院所在地，必然遭致各界強力抗爭反對，且除需開鑿隧道外，還要大規模開挖高度達約40m之山坡地以創造足夠空間供機廠駐車廠及維修工廠使用，開挖時還要以極端工程手段解決新莊逆衝斷層等地質先天不良問題，衍生預算驟增85億元、時程延宕88個月及工程安全不確定等後果，政府與社會均因此付出慘痛代價，新北市政府（時為臺北縣政府）及臺北市政府捷運工程局均難辭其咎。另就邊坡穩定工程技術而言，臺北市政府捷運工程局未確實審核設計圖說，輕忽40公尺高度大規模山坡地開挖風險，僅以地錨護坡，顯然強度不足，不但導致樂生療養院續住區與新院區部分建物及地坪裂損情事，而且邊坡存有安全之高度不確定性，工程也因此全面停工、重新檢討補強，徒遭外界物議。而工程延宕諸原因中，單單行政院衛生署暨所屬樂生療養院移交施工用地及遷離院民不力，就延誤工期達64.5個月，缺失明甚。
調查報告所提調查意見及處理辦法分別臚列如后：
調查意見：
一、 臺北都會區大眾捷運系統新莊線新莊機廠選址不當，且需占用大部分樂生療養院所在地，致遭青年樂生聯盟、文史團體、專家學者及社會各界強力抗爭反對，數度暴發衝突件，新北市政府（時為臺北縣政府）及臺北市政府捷運工程局均難辭其咎。
二、 行政院衛生署暨所屬樂生療養院移交施工用地及遷離院明顯有不力，致使新莊機廠工程完工期程嚴重延宕，核有怠失。
三、 新莊機廠選址不當，除需開鑿隧道外，且大規模開挖山坡地以創造足夠空間供機廠使用，並需以工程極端手段解決逆衝斷層等地質先天不良問題，衍生預算驟增、時程延宕及工程安全不確定等後果，政府與社會均因此付出慘痛代價，新北市政府、臺北市政府捷運局及相關機關允應記取教訓，以此為鑑，莫再重蹈覆轍。
四、 臺北市政府捷運工程局未確實審核設計圖說，輕忽40公尺高度大邊坡之開挖風險，不但導致樂生療養院續住區與新院區部分建物及地坪裂損情事，工程也因此全面停工、重新檢討補強，徒遭物議，核有違失。
五、 臺北市政府捷運工程局允應研提施工補強方案，澈底解決邊坡安全問題，並儘速復工，避免已開挖之邊坡因連日豪雨造成大量滑動。
處理辦法：
一、擬抄調查意見一、三糾正新北市政府。 二、擬抄調查意見二糾正行政院衛生署 三、擬抄調查意見一、三、四糾正臺北市政府捷運工程局。 四、擬抄調查意見五函請臺北市政府捷運工程局確實檢討改進見復。 四、擬抄調查意見函請行政院公共工程委員會參考辦理。 五、檢附派查函及相關附件，送請教育及文化委員會、財政 及經濟委員會、交通及採購委員會聯席會議處理。