中部科學園區四期（二林）開發案，是我過去八個月國科會主委任期中最為費心費力投入的案子。在歷經六個月折衝，我們對園區產業結構、用水量、排水量、汙染源頭控管，都極力做出對得起土地人民的改進與妥協，也得到社會絕大多數人與輿論的認同。不料，台北高等行政法院十月十一日「駁回開發許可」的判決，卻又讓此案莫名其妙地產生許多波折。以下我想對此事做一些反思與說明。
一、在民國九十九年十二月，同樣的地方行政法院曾經對同樣的訴訟標的（停止開發許可），做出駁回的裁定，復經原告上訴，於一○○年十二月由最高行政法院判決上訴駁回定讞。如今，原告居民換幾個人，就同一訴訟標的重提訴訟，地方行政法院竟又翻轉判決，那麼「最高」終審定讞又有什麼意義？照這個邏輯，台灣若有一萬基本教義派，他們可以兩人一組輪流提告五千次，使行政院所有的開發政策都永遠處於不確定狀態。不同法官的心證是否可以實質造成政府施政作為的永久不能定案？先進國家哪有這麼紊亂而不確定的司法？財產權不穩定的社會，焉有進步之可能？
二、這次司法判決的理由，竟然包括「某地選址不當」、「應優先選擇他地」等。這些選擇，都是行政裁量與判斷，不是司法權所應置喙。當行政法院以裁量觀點不同而否決行政選擇時，這是司法權對行政權的侵犯，而行政法院也成為實質上的太上行政院。這樣的體制錯亂，叫我們行政機關要怎麼辦呢？台灣要如何往前走呢？
三、國土規劃的確是台灣做得不夠好的項目，這裡的關鍵是：台灣社會究竟有沒有共識？我們的國土規劃一直沒有完成立法；而台灣要透過何種程序，決定我們究竟需要多少農業區、工業區（科學工業園區）與商業區？台灣到底有多少水資源？該如何分配於農、工、家庭？我們要根據什麼法律程序，說某處已經超限利用？哪裡可以做工業區？這些問題不但要思考台灣的永續環境，還要考慮產業政策，更要超越當下的景氣環境。
大蕭條時資源多閒置，工業區自然嫌多；但若景氣翻轉，要再建設卻已緩不濟急。我們確實應該要推動國土規劃，但是不能捨棄通則，卻對特定個案絕對堅持。建設與經濟成長固然不是衡量社會進步唯一的價值，但回到石器時代也絕非社會多數人的期望。一個進步的社會，環保與開發應互相平衡而非零和賽局。我們需要一個做決定的程序，而非任憑法官在個案中以超越行政權的自我認定，去遂行一己之永續理想。
四、二林現在的問題，已經超越多元價值互相包容的折衝，而是凸顯出台灣環保與開發陷入一種無法可循的無政府狀態。司法與行政本來就互相制衡，但同一個訴訟標的竟然可以一再隨法官心證變化，以致司法權的制衡反而讓行政權無所依歸，使社會陷入動盪。這反映部分法官通識教育的失敗，也是台灣的悲哀與無奈。
做為行政院的一員，國科會與內政部會協議循現行法律爭取救濟。希望這個環境衝擊已降到最低、轉型獲社會廣泛支持的園區，能夠以變動最小、社會成本最低的方式進行下去。任何公共政策制定過程，絕對有可以改進的空間，國科會從二林園區開發的種種爭議中學到許多。但環境與開發不是零和遊戲，應包容雙方價值。我絕對尊重司法、愛護環境；我也想盡一切力量，去擁抱中台灣的土地人民。但我們的努力，還是要依靠上軌道的司法與尊重社會多元價值的公民涵養。我誠摯希望，二林爭議是台灣最後一個環保與開發爭議。