針對樂生自救會、青年樂生聯盟於苦勞網張貼之「樂生院民迫遷在即、抗議工程會指示39棟方案動工行動」公告,內容多處嚴重與事實不符,行政院公共工程委員會特提出澄清說明如下:
台北捷運新莊機廠之設計施工為台北市政府捷運工程局權責,工程會並非工程主辦機關,亦非目的事業主管機關,因樂生院區保留問題而引發社會爭議,工程會方出面進行溝通協調,工程會稟持公正、客觀、公開的一貫原則,邀請各領域專家及相關人士參與,為保障捷運施工與樂生保存範圍安全無虞盡心盡力,樂生保存方案亦經與會學者、專家及機關代表研商,將原台北縣政府所提僅保留20棟、異地重組2棟,增加為保留39棟、10棟納入園區整體規劃擇要重建,至後續推動執行本應回歸政府體制,各司其職,由權責機關依法令制度本於職掌推動執行。該文指稱「工程會對外否認39棟方案是由工程會提出」、「工程會急於推卸『院民續住』及『地質安全』問題」、「工程會有權無責」等說法均與事實不符。
針對該文訴求「工程會立即進行公正公開地質試驗」乙節,工程會表示,此一問題事涉主辦機關的權責與設計顧問公司的專業簽證責任問題,捷運局與顧問公司及技師專業上之權責,各界應予尊重。工程會已要求捷運局注意檢討釐清地下水及地質問題之疑慮,並務必確保施工及院區安全,且捷運局亦已決定委託第三者公正單位進行檢測調查,調查結果若與原設計有差異,捷運局當會做必要之檢討因應。外界不宜任意混淆視聽,漠視政府體制與法令制度之運作,文中所稱「若真發生違反人權之強迫搬遷行為,工程會應首先為此負責」,亦為嚴重誤解政府體制運作之不當指控。
至於樂生保留團體將至工程會抗議之行動,工程會表示尊重,並呼籲各界以理性、客觀的態度,正視樂生保存的價值與捷運工程已進行大半的事實,勿再扭曲真相挑動紛爭製造對立,讓樂生保存與捷運建設均能順利進行,如此方是國家社會之福。