在立法院臨時會審查自由經濟示範區特別條例（草案）前，包括台灣大學經濟學系主任鄭秀玲、台灣大學農業經濟學系主任吳榮杰、 中興大學應用經濟學系（農經系）主任曾偉君、 屏東科技大學農企業管理學系主任陳淑恩、中興大學農業政策研究中心教授陳吉仲、台灣大學生機系退休教授謝志誠、灣寶農民洪箱、宜蘭農民吳佳玲、南庄農青邱星崴及主婦聯盟消費合作社理事主席許秀嬌等。於6月16日在立法院中興大樓103會議室召開記者會，指控自經區特別條例荒謬滅農，並表達反對「農業加值」置入自經區立場，與會者共同呼籲：
1. 自經區特別條例「農業加值」相關條例應予以刪除！
2. 陳保基主委極力推動開放管制的中國農產原料，背離自由經濟與社會正義並重思維，顯然是為特定資本財團服務而非為農民服務，應該離開農委會主委一職！
與會的鄭秀玲教授指出，自經區條例第三十八條自動對國外輸入貨物免徵關稅，以後別國將不需和我國簽貨貿協議，因為他們將沒有壓力對我方降關稅，將波及我國石化、面板和工具機等業者的競爭力。另外，第四十二條容許中國農產品輸入做為食品加工原料，加工後的食品，未經檢驗即標示ＭＩＴ出口，若品質不佳，將嚴重傷害台灣品牌信譽。長期而言，對我食品加工業之外銷未必有利，對內銷的消費者食安更沒保障！
灣寶農民洪箱則指控，政府無力協助保護自己的農民，卻只會想著開放中國地農產品進來打擊自己的農民，官員應該下台。
吳榮杰教授表示，從來沒有一個國家政府對自己的農民如此殘酷，自經區條例犧牲農業，成就少數人，這是台灣人不能容忍的，一定要把農業加值排除在自經區的範圍。
來自宜蘭的稻農吳佳玲說，自經區開放讓中國農產品可以直接掛上MIT，這種做法根本就是要台灣農民替中國農產品背書，政府這樣做有先問過台灣農民嗎？
謝志誠教授則回顧2012年才修正、以「推動自由化、國際化，促進人員、貨物及技術流通，提升國家競爭力」為目標的「自由貿易港區設置管理條例」（簡稱「自貿港區條例」），並從自貿港區條例的角度審視「自由經濟示範區特別條例」（簡稱「自經區條例」），指出自經區條例所宣示的「前店後廠」、「農業加值」等在自貿港區都可以進行，不先把自貿港區的績效做起來，卻急著推動自經區條例，廣設自經區，還不是為中國開大門，讓目前還沒有准許輸入的2,186項管制物品（包括830項管制的農產品原料）通通可以進來；官員一直在說，要「做大原有的餅」，要「農業加值」，說穿了只是要搞大「加工業者」的餅，要為「中國農業」加值罷了。
陳吉仲教授強調說，農委會主委一直強調自經區沒有開放中國830項管制的農產品進入，且不斷說明自經區生產的食品全部外銷，這是在玩文字遊戲和公然說謊。自經區條例第四十二條第一項就說，台灣將開放管制的中國830農產品進口，而第二項的內容即表示，若生產出來的食品加工品屬於對中國管制農工產品，則必須全部外銷，若是非管制性產品，則可內外銷。針對國發會主委管中閔之前表示反對自經區者「如果刻意戴著墨鏡來看事情，黃金也看成瀝青」，陳吉仲教授更進一步公開喊話，反對自經區的學者及公民都有非常確切的數據和論述可以證明自經區的衝擊，與農委會主委等來一場公開辯論，大家一起來把問題講清楚。
回應
蔡主席反示範區讓縣市長陷入困境
蔡主席反示範區讓縣市長陷入困境
2014/06/10 美麗島電子報 郭正亮
6月9日，民進黨主席蔡英文在「立法院臨時會前政策擴大會議」的開幕演講中正式向國民黨全面宣戰，她批判「示範區政策錯誤、監督條例黑箱作業、服貿協議程序不正、考監人事公然酬庸」，幾乎照單全收太陽花學運訴求，還宣布「臨時會將是一場激烈的戰鬥」。
6月16日到7月4日的立法院臨時會，一般認為來不及審查服貿，焦點顯然擺在示範區審查。蔡認為示範區條例有四大問題，條文必須「大幅翻修」，包括：條例內容空洞；毫無產業策略，只是無限延伸的拼盤雜燴；條文大量空白授權、黑箱作業；大陸農工產品可變相進口到各示範區，尤其衝擊農業。
馬政府對蔡主席的強硬談話，表面上固然反對，其實內心喜出望外。某位國民黨高層即私下表示：「蔡過去當過台灣經貿談判代表，如今卻反對自由化，與過去自由貿易談判完全衝突。如果她當黨主席之後的第一戰就是鎖國，那國民黨可能會有許多人滿高興的。」
國民黨高層說「會有許多人滿高興的」，主要是指國民黨縣市長候選人。畢竟示範區固然是馬提出的「黃金十年」政策之一，桃園航空城更列入「新台灣十二大建設」第一項、也是經建會2012年首要推動的經濟政策。但民進黨縣市長不管是現任或候選人，都相繼表達有條件的支持立場，充其量只是反對示範區的個別項目（尤其是開放農產品進口），並未否定「先從示範區試點、從點到面的漸進自由化」的示範區邏輯。
而且蔡所批評的「條文大量空白授權」，其實就是不再訴諸「原則管制、逐案同意」的「正面表列」，改採「原則同意、特案管制」的「負面表列」，這正是經濟自由化的政策核心；即使是後來居上的上海自貿區，也已經勇敢採納。熟悉自由貿易的民進黨蔡主席，如今竟要跟進保護主義色彩濃厚的公民團體加以反對。
民進黨縣市長對於示範區的立場，明顯與蔡主席不同。以台南為例，早在2013年4月30日，賴清德市長接受議員杜素吟質詢時，即表示「將爭取安平港升格自由貿易港區、爭取加入自由經濟示範區」；賴還特別提到他過去在立委任內，曾和多位台南立委共同爭取安平港納入示範區，也得到經建會主委和交通部長支持，他對此表示「正面、樂觀期待」。
結果原本並未列入示範區第一波名單的台南，經過賴市長爭取，終於在2013年8月增列；當時賴市長還把安平港和台北港並列，視為任內重大政績。緊鄰安平港的台南安平工業區，約有600家廠商進駐。2013年接任安平工業區廠商協進會理事長、目前也是大陸台企聯常務副會長的江蘇台商劉顯模，也語重心長提醒：「示範區對台南安平是一個重大的發展契機，台灣必須走出去，而且動作要快。如果特別條例修得太多、拖得太久，恐怕預期要發揮的效益會受到影響。」
另如高雄，陳菊市長也早就委託中山大學進行「高雄市自由經濟示範區產業方案」，努力要與中央規畫接軌，明白指出「初步規畫六大產業，國際醫療、國際物流將與中央接軌」。陳更積極表示「高雄對於發展自由經濟示範區的訴求，包括亞洲新灣區、市府與港務公司合作的自由貿易港區等，同時引進新興、高附加價值的服務產業，切勿開放藍領外勞，反對示範區成為另一個加工出口區」，顯然是採取有條件支持立場。
至於很有希望為民進黨奪下台中市長的林佳龍，更早在2012年12月6日就在立法院交通委員會提出質詢，表示「台中很多廠商很重視國內自由貿易港區與自由經濟示範區的規劃，也思考未來怎樣去申請運用」，並強調「自由經濟示範區的概念不只是自由貿易相關租稅的減免，還牽涉到特許事業的放寬、國際人員自由流動等重大議題；因此自由貿易港區與自由經濟示範區，如果在目的與功能上不是完全獨立的制度，應由行政院成立專責委員會來統一處理」。
民進黨桃園市長候選人鄭文燦，在八德合宜住宅爆發貪污案之後，即使遠雄集團也在桃園航空城扮演重大角色，鄭仍公開表示，航空城得到多數民意支持，他會要求航空城接受更多透明監督，但不會反對納入自由經濟示範區的航空城規劃。
綜合上述，蔡主席反示範區的結果，將使民進黨縣市長候選人陷入進退兩難的困境。國民黨候選人必將個別提出尖銳質問：陳市長是否支持高雄港納入示範區？賴市長是否支持安平港納入示範區？林佳龍是否支持台中港納入示範區？鄭文燦是否支持航空城納入示範區？游錫堃是否支持台北港納入示範區？五位候選人即將在11月面對選舉，民進黨團如何可能在選前及時提出「大幅翻修」的替代版本？
事實上，泛綠經濟學界即使反對馬政府的示範區，也未必跟進公民團體走向保護主義，而是反對局限特區的自由化，主張更全面的自由化。以新台灣國策智庫董事長、經濟學者出身的吳榮義為例，他固然認為自經區已經不合時宜，但他也基於專業表示：「政府正本清源的做法應該是全面自由化，鼓勵國內投資於產業創新升級，提昇國際競爭力。世界競爭力報告提到政府效率評比下降，正當做法是找出政府效率不好的原因，修改法規，對症下藥；而不是特別立法設立特區，提供區內事業減免稅，把台灣經濟分成區內區外，造成區內外事業不公平競爭，對於全面投資環境及資源的有效運用反而產生不利的效果。」
蔡主席反對自由經濟示範區，到底是主張更全面的自由化，還是倒退到比特區自由化更保守的保護主義，目前看來恐怕更傾向後者。果真如此，蔡主席對示範區的宣戰結果，恐怕未必導向她所期待的藍綠對決；反而更可能適得其反，引發禍起蕭牆的民進黨中央與地方縣市長對決。