因要求改善超時過勞的血汗勞動環境，而遭三軍總醫院澎湖分院違法解僱的7名護理人員，經向澎湖地方法院提起「確認僱傭關係」訴訟，107年6月28日澎湖地方法院判決三軍總醫院澎湖分院敗訴，是為違法解僱，但三軍總醫院澎湖分院目前已提出上訴。針對三軍總醫院澎湖分院提出上訴，台灣護師醫療產業工會表示，澎湖地方法院既已判決三軍總醫院澎湖分院敗訴，希望三軍總醫院澎湖分院從善如流，讓這些護理人員回院工作，勞雇雙方共同努力改善醫療產業血汗過勞的勞動環境。
台灣護師醫療產業工會指出，包含護理人員在內的醫療產業受僱者，長期面對超時過勞的血汗勞動環境。澎湖地處離島，不僅醫療條件有待提升，護理人員惡劣的工作狀況也總是遭到漠視。而護師工會的成立目的就是為了協助各地的護理人員改善惡劣的勞動環境，不論南北東西，不論都市或偏遠地區，不論本島或離島，只要護理人員有需要，護師工會都會協助，護師工會也希望透過改善護理人員勞動環境，讓醫療品質有所提升。
在台灣護師醫療產業工會協助下，三軍總醫院澎湖分院的護理人員從105年年中向澎湖縣政府申訴院方未依法給付加班費，經澎湖縣政府105年9月20日裁罰在案。護師工會並多次協助護理人員與三軍總醫院澎湖分院進行協商抗爭，提出補足護理人力、不得超時工作、取消24小時待命執勤等訴求，然都未得到院方的善意回應。
105年11月初，三軍總醫院澎湖分院更以曠職為由解僱參加抗爭的護理人員，經向澎湖縣政府申請勞資爭議調解(澎湖縣政府要求司法途徑處理)，院方仍拒絕收回解僱命令，護理人員只好循司法途徑，向澎湖地方法院提出「確認僱傭關係」以及請求三軍總醫院澎湖分院給付延長工時、負時數及待命值勤時間工資的民事訴訟。
共有7位護理人員向三軍總醫院澎湖分院提出「確認僱傭關係」的訴訟，澎湖地方法院審理後認為，106年9月到10月，勞雇雙方正就改善超時工作條件進行協商，護理人員因三軍總醫院澎湖分院違反勞基法規定、未給付加班費，9月下旬提出終止勞動契約。而三軍總醫院澎湖分院要求護理人員回院工作，最後雙方同意這段時間未上班以請假方式處理，所以法院認為三軍總醫院澎湖分院主張護理人員曠職並不合法，其實他們都有請假，三軍總醫院澎湖分院也同意請假，並不構成曠職。
同時，護理人員也提出請求延長工時、補班負時數及on call待命值勤時間的工資給付民事訴訟。澎湖地方法院認為三軍總醫院澎湖分院應給付延長工時及補班負時數的加班費，但認為on call待命值勤時間不屬於工作時間，因此三軍總醫院澎湖分院不需要給付工資。
護師工會肯定澎湖地方法院透過判決維護勞動權益的用心，但認為澎湖地方法院對on call待命值勤時間不需給付工資的見解，需要再斟酌。據監察院107年1月針對三軍總醫院澎湖分院工時狀況提出的調查報告，待命值勤(on call)有備勤、待命及候傳等型態，然對勞工均具不同程度之拘束，惟國內相關勞動法規對於該等型態應否給付工資等缺乏彈性，致生訴訟爭議。勞動部允應研議是否就待命值勤之型態及工資給付之關係予以界定，並研析應否就該等型態之工資給付，給予適當之調整彈性，而非由雇主決定是否計入工時計算工資。而三軍總醫院澎湖分院事實上也訂定了待命執勤發給津貼的辦法，護師工會希望中央行政及立法機關能正視這個問題加以解決。
針對三軍總醫院澎湖分院敗訴，仍然提起上訴，不讓護理人員回醫院院上班，台灣護師醫療產業工會呼籲三軍總醫院澎湖分院、國防部、行政院能本改善護理人員勞動環境，撤回上訴，儘速恢復7名護理人員的工作權利，切勿節外生枝。勞雇雙方共同研議改善醫療產業血汗過勞的勞動環境，而非將爭取自身勞動權益、試圖改善醫療環境的護理人員當成敵人。
且台灣護師醫療產業工會，更要求澎湖縣政府，應重視現行澎湖縣護理人力不足之窘境，應善盡地方主管監督之責，亦對此次違法解僱事件所發生事項，提出縣政府應重視改善訴求。
一、對於醫療機構落實勞基法之勞動檢查，不可以以勞動檢查員人力不足，而只執行勞動部的檢查專案。
二、對於醫院濫用負時數，及值班待命制度的，加強落實稽查，並且對於緊急手術的核備，應確實了解是否符合法令要求。
三、對於勞資雙方於爭議期間，依照勞資爭議處理法事項，應嚴格落實勞資雙方遵守，也應保障經濟弱勢勞方，要求資方不得做出不利對待，違反者，應依法開法，而非是要勞方自行打官司確認有無違法，而不盡管理監督之責，明顯讓資方免於法律規範監督，造成弱勢勞工之不利損害。
四、加強勞檢員的勞動法律認識，依法執行業務，而非以自行觀念認知曲解勞基法，舉例說明，加班費用給付不足，依法應開罰，而非之後有給加班費用，就不用處分，負時數的發生，不是以院方說明沒有，就認定說法，而應以證據事實落實查核。
五、離島召募護理人員不易，衛生局更應重視護理人力執行業務之反應，以及要求監督醫院機構設置人力配置需求，保障離島居民住院、就醫照護權利，善用離島建設條例，爭取護理人員薪資福利改善，讓本島及本縣居民願意回來服務鄉親，才是改善之道。